안희정씨가 북한이 핵실험을 감행한 직후인 작년 10월 20일 통일부에 신고하지 않은 채 중국 베이징에서 북한 리호남 참사와 만났다는 사실이 드러나 논란이 일고 있다. 

특히 안희정씨의 대북 접촉이 노무현 대통령의 직접 지시에 따른 것으로 밝혀짐에 따라 한나라당 민주당 범여권까지 "대북 비선 라인"은 용납할 수 없는 문제라며 일제히 비난했다. 

안희정씨는 대통령의 핵심측근이나 민간인 신분이었으며 대북 업무의 공식 창구인 통일부와 국가정보원, 청와대 통일외교안보정책실은 당시 접촉 과정에서 완전히 배제되었다. 정부가 줄곧 강조해 온 대북 정책의 투명성을 스스로 훼손했다는 것이다. 

여기에 이재정 통일부 장관이 남북교류협력법에 크게 문제 되지 않는다는 발언도 논란을 낳고 있다.